DNA-chip
Undersøgelser af gener
DNA-chip bruges til undersøgelse af menneskets gener;
genernes funktion, placering og aktivitet,
På en glas/plastiskplade er der 1000-vis af identiske DNA-stykker.
I en DNA-chip kan indeholde op til 90.000 spots.
Vi kan bruge denne metode til at bestemme geners aktivitet i
forskellige væv. Dette gør man ved først at fastgøre et sekventeret[1]
DNA-bibliotek. Ud fra dette bibliotek udvælger man den del af genomet som man
forudser vil være aktiv[2] i vævet[3]. Det
udvalgte DNA varmer man op, til det bliver skilt of dermed bliver
enkeltstrenget. RNA fra det ønskede undersøgte væv indfanges, og man skaber nyt
cDNA[4] ud fra
dette[5]. Dette
cDNA mærker man med et fluorescerende stof, cDNA’et kommer man på chippen og
vil derved finde sammen med det fastgjorte DNA på chippen/det hybridiserer. Når
kendt DNA går sammen med ukendt DNA, vil man kunne se rækkefølgen af gener i
det undersøgte væv.
cDNA kan indikeres med hver sin farve, hvis aktiviteten af
gener skal sammenlignes i forskellige væv. De hybridiserende spots med
fluorescerende cDNA viser sig som pletter på chippen. For at bestemme
mutationer kan man også bruge DNA-chip.
DNA på en chip det er markør for SNP.
DNA på en chip det er markør for SNP.
SNP (snip) = single nukleotid polemafi (polemafi betyder
forskellighed à
der sker altså en variation af et nukleotid)
SNP-steder på et genom der hvor der er sket mutationer. Det
er kun mutationer i de kodende DNA-sekvenser der vil give en ændring af en
eller flere aminosyrer som kan resultere i sygdom eller anden genetisk
variation.
Man laver nogle specielle DNA-chips, for at undersøge om en
person har sygdomsfremkaldende mutationer.
Dette er metoden 23andMe benytter.
[1] En metode hvorpå man finder
baserækkefølgen i DNA’et
[2] Dette kaldes genernes exsons
[3] DNA-bibliotek består af
cDNA som er indsamlet fra forskellige personer og celletyper
[4] Komplementære DNA
[5] RNA benyttes i stedet for
DNA, da man så er sikker på at det kun er exsons generne der kommer til udtryk
– RNA transskripterer kun de aktive gener
Hej Signe
SvarSletKan du ikke lige skrive hvem du har været i gruppe med?
Skrevet af: Josephine, Anna, Cecilie, Mette og Signe O
SvarSletFagligt set er det godt.
SvarSletSNP forklaringen er dog ikke formuleret godt nok, da kompositionen gør det svært at forstå.
Yderligere er SNP ikke deciderede mutationer, men kopifejl, der opstår. De har dog samme effekt som punktmutationer.
Som Anders skriver er der dele (især det sidste) som ikke er så godt formuleret og som ikke er skrevet i en sammenhæng med det ovenstående. Det giver et lidt forvirrende indtryk. Der er også lidt stavefejl hist og her som kan give forvirring for læseren. Men dele af det er godt beskrevet og giver et fint indtryk af hvad DNA chips kan bruges til.
SvarSletI skriver at en DNA chip kan indeholde op til 90.000 spots. Dette er ikke tilfældet for de chips som 23andme bruger. Hvis I læser databladet for deres chips, så kan de indeholde op til næsten 1,2 mio spots (de kalder dem beads) med DNA.
I beskriver DNA chip som en metode til at teste for genaktivitet i væv. Det kan metoden også bruges til, men det er ikke det de laver hos 23andme. De tester hele genomet for SNP markører, som kan fortælle om hvilke gener kunden har.
Til sidst sætter I lighedstegn mellem exons og aktive gener. Dette er ikke helt korrekt, da exons både kan være aktive og inaktive.