mandag den 17. december 2012

23 and me gentest

Hele processen starter med, at 23 and me modtager en spytprøve fra en person, der ønsker sit DNA testet. DNA'et fra denne person bliver amplificeret ved PCR, så mængden af DNA er tilstrækkelig til, at DNA testen kan udføres.
PCR er en forkortelse af polymerase chain reaction. det er en proces hvor et bestemt stykke DNA bliver kopieret.
  • Først denatureres DNA-strengen ved høj temperatur, ca. 94 °C, da hydrogen bindingerne ikke længere er stabile ved så høje temperaturer.
  • Derefter sænkes temperaturen til mellem 40 °C og 60 
    °C, så primerne kan binde sig til de komplementære DNA-sekvenser.
  • DNA-polymerasen påsætter herefter nukleotider ud fra primeren ifølge baseparringsreglen. Denne DNA-polymerase stammer fra en termofil bakterie (thermus aquaticus), som arbejder bedst under høje temperaturer.
  • Denne proces gentages mange gange indtil den ønskede mængde DNA opnås.
DNA'et klippes herefter i mindre stykker med restriktionsenzymer (endonukleaser).Restriktionsenzymer klipper ved bestemte genkendelsessteder. Disse genkendelsessteder er oftest palindrome sekvenser.DNA'et bliver tilført til DNA-chippen. I DNA-chippen sidder der noget enkeltstrenget DNA, som fisker efter et bestemt SNP (single nukleotid polymorphism).SNP er substitution af en enkelt base på et stykke DNA. DNA'et man leder efter i chippen er en SNP der er sket tæt på, eller direkte inde i et gen, som påvirker proteinets funktion.I chippen hybridiseres DNA-strengene således, at de stopper et nukleotid før de SNP steder der skal undersøges.

Nu tilsættes enkelt flourseret nukleotider. Et enkelt nukleotid vil baseparre med den komplementære DNA streng hvor et SNP befinder sig. Det flourseret mærket nukleotid med en enkelt base vil kunne ses ved belysning af laserlys. Ud fra baseparringsreglen kan vi nu finde ud af hvilken base der er udskiftet og hvor på DNA'et dette er sket.

Skrevet af: Jonas A, Kasper T, Rasmus T, Mads O, Per M og Rune W.

4 kommentarer:

  1. Der mangler lidt en indledning til emnet.
    Der mangler også lidt en beskrivelse/sammenfattelse af proceduren - og en lille konklusion.
    I det sidste afsnit (markeret med hvidt) er der nogle stave/bøjningsfejl.
    Der mangler måske også en smule dybde/forklaring ved fx. SNP.

    Til det positive:
    Der er en rigtig god rød tråd gennem teksten.
    På forholdsvis kort tid formår i at forklare ret meget.
    Det er fedt at i har inddraget og brugt tid på at forklare PCR.
    Punktformen gør det nemmere at forstå/forholde sig til proceduren.

    Af Julie og Ditte T.

    SvarSlet
  2. En rigtig god indledning, med et godt overblik og gode beskrivelser.
    Vi synes at det begynder at halte lidt med det sproglige og det pædagogiske ved de to sidste afsnit, da der er små korte sætninger, der gør at man mister lidt overblik i stedet for et par lidt længere sætninger, der gør det mere forstående.
    Vi synes der er et par enkelte ord der ikke passer ind, f.eks. "som fisker efter et....", vi synes ikke at fisker er det rette ord at bruge, da resten af teksten har gode fagudtryk og derfor falder niveauet lidt her.

    Vi synes at den røde tråd er der, da I fastholder emnet og forklarer ting for ting.

    Alt i alt, synes vi at det er et rigtig god indlæg.

    XOXO
    Mads A og Kasper F.

    SvarSlet
  3. I starten, hvor PCR-metoden beskrives, er sproget flot og designet overskueligt.
    Dog mangler der uddybning i afsnittet om SNP og markører. Sproget bliver også mindre præcist, og dette betyder man ikke får et overblik over den biologiske viden. f.eks. "som fisker efter et bestemt SNP.
    Artikelen indeholder også stavefejl.

    Ellers synes vi, at artikelen er god!!
    Møsser
    Bolette og Mette

    SvarSlet
  4. Generelt et godt indlæg, hvor man fornemmer at I har en forståelse for hvordan 23andme anvender DNA chips til at teste for SNP markører. Godt at I har fanget hvordan de bruger flourescens til at bestemme SNPmarkøren.
    Men som det også skrives i de øvrige kommentarer, så bliver sproget lidt sjusket og formuleringerne ikke fagligt præcise i den sidste halvdel af indlægget, hvilket er en skam, da det gør det vanskeligt at læse og forstå. Så synes jeg I bruger lidt for meget energi på at beskrive PCR metoden. Det var ikke helt det opgaven gik ud på. Men det er fint at nævne den som en teknik der anvendes undervejs.
    Husk at underbygge med figur eller billeder af DNA chip eller eller nogle af processerne.

    SvarSlet